בשנות ה-80 של המאה העשרים, החלו לוחמי הפלגה לפעול בתנאים מורכבים. תנאים אלה הושפעו מהמאפיינים המיוחדים של רצועת עזה ומהעובדה שהגבול עם מצרים נקבע בצמוד אליה: מחד - שמירה על הגבול במסגרת הסכם השלום עם מצרים ומתן אפשרות לדיג מקומי ברצועה על מנת להבטיח תעסוקה, מה שעשוי היה להקטין את היקף הפיגועים. מאידך - מניעת העברת אמצעי לחימה והברחות לאזור עזה שגברו במידה ניכרת מתחומי מצרים.
בשלהי 1987, פרצה האינתיפדה הראשונה שנמשכה למעלה מ-6 שנים. הדבורים סיירו לאורך חופי עזה שהיתה עדיין בשליטת ישראל למניעת בריחת מבוקשים ואכפו עוצר ימי בהתאם לנסיבות; זאת בנוסף למאמץ למנוע הברחת אמצעי לחימה בדרך הים.
שדרוג הדבור
דבור מוסב
במטרה להגדיל את מהירותם של הדבורים, הורכבו בשלהי שנות ה-70 של המאה העשרים מנועי M.T.U. מתוצרת גרמניה בדבור, שהגיע למהירות מירבית של 32 קשר. בעקבות זאת הוחלט על הסבת מנועי הדבורים. בסופו של דבר הותקנו בדבורים מוסבים מנועי G.M. אמריקאים משופרים שהעלו את המהירות ל-28 קשר. בשל צרכים מבצעיים בזירת הצפון, נקלטו תחילה דבורים מוסבים בפלגה 914, בראשית שנות ה-80.
באירוע ניצנים, ב-30 במאי 1990, התקשו 2 דבורים מהפלגה במרדף אחר סירות מהירות של מחבלים שניסו לחדור לחופי ישראל. אחת מהם הצליחה לנחות בחוף, שם נהרגו 4 מאנשיה ו-7 נתפסו. בעקבות האירוע הוחלט לבסס את פלגת הדבורים באשדוד על דבורים מהירים. קליטת דבורות בבסיס חיפה איפשרה העברת 6 דבורים מוסבים לבסיס אשדוד ב-1990. דבור מהיר הועבר בדרך היבשה מאילת. באותה שנה הוסב שמה של סיירת ברבור ל בזק . עד 1994, כל 12 ספינות הפלגה היו דבורים מוסבים.
מחשוף ישראלי
בתחילת שנות ה-90 של המאה העשרים, הותקנה בדבורים מערכת אלקטרו-אופטית משוכללת להגדלת טווחי הזיהוי ביום ובלילה - ה"מחשוף". למערכת מתוצרת "אלאופ" יכולת ראיה טרמית ורגילה המאפשרת לזהות בבירור מטרות, כאשר מפעיל המערכת צופה בנוחות במטרה על גבי מסך טלויזיה בגשר הסגור. בנוסף, ביכולתה להעביר נתונים לצורכי התותחנות הימית כטווח ולסייע בחישובים בליסטיים. וידאו-טייפ משולב במערכת ומאפשר שיחזורים והקלטות לצורך הפקת לקחים.
דבור A.D.
ב-1995, החלה קליטת דבורים שלמנועיהם נוספה מערכת הנעה יחודית מסוג (ARENSON DRIVE) A.D. . המערכת מאפשרת יכולת תימרון מעולה במהירות גבוהה, המגיעה ל-32 קשר.
אזור חוף עזה
הסכמי אוסלו
במאי 1994, החלה האוטונומיה על רצועת עזה, מה שהביא לשינוי באופי הסיור באזור חוף עזה. מימי הגיזרה חולקו ל-3 אזורים. בתחום של 1 מייל באזור ארז בצפון ו-1.5 מייל בקירבת הגבול המצרי בדרום נאסר שיט אזרחי. בתווך נקבע אזור מותר לדיג בו אמור היה חיל הים להתערב רק במקרים של הפרת חוק או חריגה מעבר ל-12 מייל מהחוף. מהירות כלי השיט המפליגים חייבה היערכות מיוחדת עקב זמן התרעה קצר.
נט"ק בפלגה
לאחר פירוקה של פלגת הנחתות, צורף ב-1992 נט"ק 60 מ' לפלגה 916. הנט"ק שימש ספינת ניסויים לטילי "ברק". לאחר חתימת הסכמי אוסלו ב-1994, שימש הנט"ק כתחנת מכ"ם מול חופי עזה לעיבוי מערך הגילוי. ב-1995, הועבר הנט"ק לשימור באילת.
גידול בפעילות
היקף פעילות הבט"ש בזירת אשדוד גדל, הן במספר הדבורים והן בשעות הים. ב-1995, נוספו 3 דבורים לפלגה ומספרם הגיע ל-15. כתוצאה מכך הוקמה באותה שנה מחדש סיירת שלישית ושמה כסיף . ב-1998, הגיע מספר הדבורים בפלגה ל16.
גם בתקופה של רגיעה יחסית היו הפרות של הסדרי השיט מצד הפלשתינאים. באחד המקרים, בעת שצוות יאכטה ישראלית התכוון לבצע צלילה לאוניה הטבועה "אמיר פארוק", עלה צוות משטרה פלשתינאית על היאכטה וכפת את אנשיה. הדבר נעשה בניגוד להסכם עם הפלשתינאים שהתיר שהיית ספינות ישראליות במימי עזה. דבור שהגיע למקום עצר את המשך ההשתלטות והעברת היאכטה לעזה.
לוחמי הפלגה המשיכו במאמץ למנוע הברחות אמל"ח ואנשים לרצועת עזה. הדבורים עצרו ספינות שחרגו מאזורי השיט ואנשי צוותן הובאו לאשדוד לחקירה. באחד המקרים, אף ביצעו לוחמי הדבורים השתלטות על ספינה חשודה, מאחר והתברר שצוות השתלטות של הקומנדו הימי יגיע רק בחשיכה.
הקושי בהעברת אמצעי לחימה בדרך הים גרם לפלשתינאים לפנות לפיתוח חלופות אחרות, כגון מנהרות.