עם פרוץ המהומות באוקטובר 2000, תוגברו סיורי הבט"ש באזור חוף עזה. על לוחמי הדבורים הוטל לפעול ביתר שאת למניעת פעילות חבלנית והברחות דרך הים באזור חוף עזה. הדיג הינו ענף כלכלי חשוב לתושבי רצועת עזה. הסיורים בים כרוכים במגע עם אוכלוסית דייגים גדולה, מה שמחייב הקפדה על הימנעות מפגיעה בגורמים שאינם מעורבים בטרור.
בהמשך האינתיפדה הוטל לעתים סגר ימי מלא על הרצועה. באזורים אחרים הותר הדיג עד למרחק 6 מייל מהחוף הבהתאם לנסיבות. ספינות שנעצרו מדי פעם הועברו לנמלי אשדוד וקצ"א לחקירה.
בספטמבר 2001, העניק הרמט"ל תעודת הערכה לפלגה 916 על הצטיינות בלחימה.
ב-4 שנות האינתיפדה הראשונות, עד שלהי 2004, ניסו המחבלים לפגוע 3 פעמים באמצעות סירות תופת בדבורים שסיירו באזור עזה. באחד המקרים נפצעו מספר לוחמים.
נובמבר החם של דבור 907
במהלך האינתיפדה, היה דבור 907 מפלגה 916 מעורב 3 פעמים בתקריות אש בחודש נובמבר:
ב-6 בנובמבר 2000, התפוצץ סד"ג כ-50 מ' מדבור שניגש לזהותו לדבור נגרם נזק קל.
ב-22 בנובמבר 2002, התפוצצה חסקה במהלך תישאול על ידי 2 דבורים. 4 לוחמים מדבור 907 נפצעו ולספינה נגרם נזק קל.
ב-9 בנובמבר 2004, השמיד צוות דבור מחבל ששחה עם אמצעי לחימה בכך נמנע פיגוע, כנראה בדוגית.
ספינות הסיור המתקדמות בעולם
ב-2004, החלה פלגה 916 בקליטת ספינות חדישות מסוג סופר-דבורה סימן 3 ושלדג.
ספינות אלה ארוכות, מרווחות ומהירות יותר מספינות הדבורה והסופר-דבורה שנמצאות זה מכבר בשרות בחיל הים. אורכן כ-27 מ'.
הספינות מצויידות במנועי M.T.U. בהספק של 5,000 כוח סוס. מהירותן מגיעה ל-50 קשר בעזרת מערכת הנעה יחודית מסוג A.D. בסופר-דבורה ומסוג WATER JET בשלדג, המאפשרות גלישת גוף הספינות על פני המים.
לסופר דבורה ולשלדג תותח "טייפון" 25 מ"מ מתוצרת ארה"ב, עם בקרת אש אופטרונית ומערכת ייצוב ישראלית מתוצרת רפא"ל. מערכת זו מקנה אפשרות שליטה בתותח מהגשר הפנימי הסגור, מה שמקנה לו יכולת דיוק רבה יותר, וכן אפשרות לצרוף טילי-ים ים או טילי ים-יבשה. בנוסף, חמושות הספינות בתותח 20 מ"מ בירכתיים, ב-2 מקלעי מאג ובתול"ר "קרגו".