מלחמת ששת הימים ארכה שישה ימים, מיום 5 ביוני ועד 10 ביוני 1967. במלחמה עמדה ישראל מול מצרים, ירדן, סוריה ולבנון, שנעזרו במדינות ערביות נוספות. המלחמה החלה במכה מקדימה ישראלית על חילות האוויר של האויב לאחר תקופת המתנה מתוחה בת שלושה שבועות. במהלך המלחמה הביס צה"ל את אויביו וכבש את חצי האי סיני, רצועת עזה, הגדה המערבית של הירדן (יהודה ושומרון כולל מזרח ירושלים) ואת רמת הגולן.
למלחמה נכנס חיל הים כשהוא בעיצומה של תכנית בנין הכוח החדש. כלי השייט הקיימים הלכו ונגרעו מהמערך בעוד שבנית הסטי"לים נמצאה בעיצומה, בצרפת. תכנית זו הסתמכה על הערכת אמ"ן באותה תקופה כי "מלחמה לא תפרוץ לפני 1970 " .
באמצע חודש מאי מנה הסד"כ הכשיר בחיל הים:
משחתת אחת,
צוללת אחת,
4 סט"רים בים התיכון,
3 סט"רים באילת,
6 נחתות בבסיס אשדוד,
מספר נמ"כים,
כלי לוחמה זעירה (שייטת 13).
מאזן הכוחות מול האויבים, מצרים וסוריה, היה:
משחתות - 1 : 6
צוללות - 1 : 7
סטי"לים- 0 : 24
סט"רים- 6 : 35
בהתחשב באמור לעיל נקבעו משימות חיל הים למלחמה זו כך:
-
תקיפת הצי המצרי בנמליו ע"י לוחמה זעירה.
-
מניעת התערבות פעילה של צי האויב .
-
הנחתת חטיבת חי"ר ורק"מ באיזור אל עריש
-
תובלת רק"מ ואספקה לכיבוש שארם-א-שייך.
ביוזמת חיל הים התווספו פעולות לוחמה זעירה בנמלי סוריה והכוחות
המובילים יצאו צפונה, לאזורי המתנה, עוד לפני קבלת האישור הסופי.